Klorhexidin er en meget effektiv antibakterielt skyllevæske, der ligeledes kan være effektiv overfor virus- og svampeinfektioner.

Det bruges ofte efter et operativt indgreb, hvor tandbørstning ikke er muligt i den opererede region.
Der skylles 2-3 gange dagligt (morgen, middag og aften) med en mundfuld ufortyndet klorhexidin, der holdes i munden i 1-2 minutter, inden der spyttes ud.

Det er meget vigtigt, at der ikke benyttes tandpasta i 2 timer, før eller efter, at der er blevet skyllet, da tandpasta ophæver klorhexidins antibakterielle effekt.